Ноќта меѓу 11 12 ноември единиците од 42 НО дивизија продолжија да настапуваат и се пробиваа во градот. Утрото рано на 12 ноември отпочна борбата во јужниот дел на градот Скопје. Борбата се водеше низ улиците на градот; нашите единици бргу напредуваа, а германските сили отстапуваа и се прибираа околу порано утврдените згради. III македонска бригада од правецот од Кисела Вода, со еден силен напад, ползувајќи ја маглата што го покриваше Скопје тој ден, се пробива со главните сили до палатата на денешното претседателство на Владата и зградата на полицијата и на јуриш, совладувајќи го многу жилавиот отпор на Германците, ги зазеде овие згради и ненадејно се појави во зградите на кејот, каде што отпочна борба за мостовите. Делови од XII и III бригада ја блокираа железничката станица и отпочнаа борба за самата зграда и за Кранговата палата, што се наоѓа во близина на железничката станица. Главните сили на XII бригада отпочнаа борба за зградата на Учителската школа и Поштата; едно бочно осигурување на XII ударна бригада изби на мостот кај Ханриево.
Во текот на 12 и 13 ноември се развија жестоки борби; одделни згради, како Народната банка, поштата и др. по неколкупати преминуваа од раце в раце. Во тие борби голема улога изиграа ударните групи од градот. Тие веднаш по продорт на единиците од III и XII бригада во градот, се појавија и со самопрегорен елан ненадејно нападнаа на Германците в грб и в бокови, се поврзаа со нашите единици и вршеа улога на незаменливи водачи, оти точно го познаваа не само градот туку и организацијата на германската одбрана, та со тоа им укажуваа оргомна услуга на нашите единици.
50 НО дивизија и VIII бригада, со извесно задоцнување претпладне на 12 ноември отпочнаа напад на германската одбрана на источниот дел од градот. И овде се развија тешки борби, нарочно во индустрискиот дел од градот и во регионот Гази Баба. Дејството на овие единици почна да се сеќава кај 42 НО дивизија. Успесите на единиците од 42 НО дивизија во јужниот дел на Скопје, се зацврснаа со успешното и енергично напредување на 50 НО дивизија и VIII бригада. Германците почнаа да го сеќаваат стегањето на обрачот.
XVI бригада од Скопска Црна Гора во текот на 11 и 12 ноември успеа да разбие неколку балистички групи, што ја напаѓаа при нејзиното спуштање од Скопска Црна Гора и на 12 ноември, попладне, го отпочна нападот на касарните, каде што беше распоредена и германската артилерија.
Ноќта меѓу 12 и 13, и на 13 ноември борбите продолжуваа низ сето Скопје.
Германските сили, што беа во северниот дел и во североисточниот дел на Скопје, како и во деловите во западниот дел на градот, успеаја да се извлечат под заштита на тенкови и да отстапат во правецот кон Качаник. Германците што се беа забарикадирале во разни згради, гледајќи дека им пропаднале сите противнапади, како нивните за пробивање така исто и на единиците за деблокирање, почнаа постепено да капитулираат. Најдолго се држеа Германците во Учителската школа и Поштата, што капитулираа доцна ноќта на 13 ноември. Ноќта меѓу 13 и 14 ноември вршено е чистење на градот од одделни помали заостанати групи Германци. Ова чистење беше продолжено и во текот на 14 ноември.
Благодарејќи на брзите и силните напади и упорните борби од нашите единици, Германците не успеаја да ги разурнат друмските мостови во Скопје, иако беа минирани. Потоа не успеаја да ги разурнат ни главните згради што ги бранеа, иако и тие беа минирани; само во Скопје и Ханриево и едно крило од зградата на Железничката станица, а подоцна една непронајдена мина ја оштети Народната банка.
Левата побочница од 42 НО дицизија (баталјон од XII бригада) по заземањето на Бел Камен (953) водеше многу жестоки борби во реонот на селото Матка, каде што германските инженерци со балистички сили се обидоа да ја минираат и разурнат хидроцентралата Матка. Меѓутоа, држејќи се упорно овој баталјон, помогнат од ударните групи на месното население, успеа да ги разбие балистите и Германците и со тоа да ја сочува хидроцентралата, а и Скопје од евентуална поплава. Задачата на побочницата во потполност беше извршена.
14 ноември
Веднаш по заземањето на Скопје, рано утрото на 14 ноември нашите единици го продолжија гонењето на непријателот. 42 НО дивизија со XVI бригада го гони непријателот, и тоа со три бригади по правецот: Скопје – Качаник и со една бригада по долината на Вардар кон Хромовите рудници Радуша. 50 НО дивизија го гонеше непријателот во правецот Скопје-Групчин-Тетово. Во текот на тој ден дојде до многу тешки борби на линијата на селата: Орман-Село, Ново Село, Оризари, Глумово и Матка. Германците и балистите од оваа линија неколкупати вршеа противнапади. Нашите единици не само што ги издржуваа тие противнапади, туку успеваа да ги разбијат Германците и балистите и да го продолжат гонењето по определените правци кон Качаник и кон Тетово.
Битката за Скопје претставува една многу сложена операција, како во смисла за прибирањето на силите, така и во смисла на самиот чин за спроведување на нападот. Во подготвителната фаза силите беа наполно разделени со голем меѓупростор: 50 НО дивизија во реонот на Штип, а 42 дивизија на Сува Гора. Ова растојание меѓу двете дивизии во воздушна линија изнесува повеќе од 100 километри. Покрај тоа, силите беа разделени и со германските гарнизони во Велес и Штип, што требаше претходно да се ликвидираат и дури потоа да се создадат услови за заедничко настапување кон Скопје. Благодарејќи на енергичното дејство од единиците – задачата: спојување на силите во реонот на Велес, беше извршена со незначително задоцнување од страна на 50 НО дивизија (за еден ден), што дојде прво, поради давање многу силен отпор на Германците во реонот на Штип, потоа поради недостатокот на артилерија за разбивање на непријателските укрепленија, како и поради сосема пасивното држење на V бугарска дивизија на Злетовска Река.
Единиците имаа многу малку артилерија – еден дивизион при 50 НО дивизија и Артилериската школа на Главниот штаб, која ја претставуваше артилеријата на 42 дивизија кај Велес.
Артилеријата на 42 НО дивизија не зеде учество во нападот на Скопје, зашто крај десниот брег на Вардар нема комуникации за да се доведе артилерија, а на левиот брег, поради разурнатите мостови и неумешноста на младите артилерци, не беше префрлена. Сето ова диктираше нападот на Скопје да се изведе само благодарејќи на високиот морал на нашите единици. На тој начин поставениот план за нападот на Скопје доведе до постепено ангажирање на силите. Првин се ангажира 42 НО дивизија во јужниот крај на градот, а потоа 50 НО дивизија, речиси за ден подоцна во источниот дел на градот, а малку подоцна XVI бригада во северозападниот дел. Незгодата беше таа, што најголемиот товар на борбата го прими на себе 42 НО дивизија. Но, од друга страна, Германците во текот на 11 и 12 ноември го ангажираа поголемиот дел на своите сили против 42 НО дивизија (во јужниот дел на градот). Ова пак овозможи релативно лесно да навлезт 50 НО дивизија и VIII бригада од исток и услови резултатите на битката да бидат поголеми, а германските сили на одделни отпорни точки (порано споменатите укрепени згради) сосема да се уништат.
Ударните групи (формирани во градот уште од порано од страна на партиската организација) дадоа големи резултати, како во смисла на дејството од градот, така исто и како водачи на единиците низ градот.